תיקים באפלה

המדענית וסוכנת האף-בי-אי דיינה סקאלי מצוותת ליחידת "תיקי האיקס" ופוגשת בסוכן המוזר מאלדר. יחד הם יוצאים לחקור עיירה שבה כל התלמידים ממחזור 1989 נמצאים מתים עם צלקות זהות על גופותיהם.

טייס שהטיס כלי טיס בעל טכנולוגיה חייזרית נעלם.

מאלדר וסקאלי מחפשים אחר רוצח בעל מאפיינים אנושיים שנמצא במסע רציחות אכזרי.

מאלדר מפתח אובססיה לתיק בעל קווים מקבילים למפגש שהוא חווה בילדותו עם חייזרים.

הסוכנים עוקבים אחר יצור אגדי שמשוטט באזורים הכפריים של ניו ג'רזי.

שני גברים נהרגים כביכול על ידי כוח פסיכוקינטי רב־עוצמה.

ייתכן כי מנהל תאגיד נרצח על ידי מחשב.

מדענים במוצב מרוחק באלסקה נהרגים על ידי טפיל חייזרי.

רוח רפאים חוצנית רעה מחבלת במשימה במעבורת חלל.

מאלדר מסתנן בסתר לאתר התרסקות עב"ם שאותה הממשל מטייח.

שתי ילדות נעלמות לאחר שאבותיהן נהרגו באופן דומה.

גבר עם כוחות פירוקינטיים תוקף את אנשי האצולה הבריטית.

התחזיות העל־טבעיות של אסיר שממתין להוצאה להורג עוזרת ללכוד רוצח.

אדם שמסוגל לשנות את מגדרו הופך לחשוד העיקרי במסע רציחות.

תודעתו של פושע מסוכן משתלטת על סוכן אף-בי-איי.

פושע שמת כביכול בכלא מתכנן לנקום נגד מאלדר.

מאלדר וסקאלי עוקבים אחר הובלתו בסתר של חייזר על ידי הממשל.

הסוכנים חוקרים מרפא שכוח הריפוי ניתן לו בזכות האמונה של מטופליו.

מאלדר וסקאלי חוקרים בשמורת אינדיאנים בה מישהו מסוגל לשנות את צורתו. ואולי בכלל מדובר בכוח מרושע ה-"מאניטו" שנכנס לגופות של אנשים כמו דיבוק ומשנה אותם ועובר מגוף לגוף?

סקאלי ומולדר חוקרים כוח אפל ש-"אוכל" חוטבי עצים ביער שנעלמים בלילות בלי להשאיר עקבות. האם אלו פעילים אקולוגיים? ואולי זה סוג חדש ומסוכן של חרקים שאחראי להיעלמויות?

יוג'ין טומס, פושע שמאלדר סייע בכליאתו, משוחרר על תנאי.

ילדה בת שמונה היא החשודה העיקרית בסדרה של מקרי מוות מוזרים.

מדענים במעבדה אווירונאוטית מתים תחת נסיבות מסתוריות.

מאלדר מקבל מידע בנוגע לתיק מכריע שקשור לשיבוט של וירוסים חייזריים.